La isla era habitada por diversas tribus indígenas, como los caribes y arawaks. La colonización francesa en la isla de San Martín se remonta a la compañía francesa instalada en San Cristóbal hacia 1626. Tras la expulsión de la colonia española en la isla, Francia y el reino de Holanda firmaron un tratado que dividió la isla en 1648.
Durante gran parte del siglo XVIII y comienzos del siglo XIX, la isla estuvo bajo ocupación británica. Tras la firma del tratado de París en 1815 se definió definitivamente la soberanía francesa, la que se reafirmaría con la renovación del tratado con los neerlandeses, en 1838. En 1636, San Martín conformó una subprefectura junto a San Bartolomé dentro del territorio de Guadalupe.
En un referendo efectuado el 7 de diciembre de 2003 que contó con la participación del 44,18% de la población, un 76,17% de éstos se manifestó a favor de cambiar el artículo 74 de la Constitución Francesa para así cambiar el estatus de comuna en una colectividad territorial. Tras ser aprobada por el Senado en 2006, la reforma entró en vigor el 22 de febrero de 2007.
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